法人専用のクレジットカード（Master）を作り、法人利用に限定し運用していたのですが、誤って個人使途の利用をしてしまったので、その時の処理方法です。
会計freeeではカード登録することで、毎月1回カード利用明細が自動的に取り込まれます、実際の引き落としは合計金額一本で記帳され相殺されるイメージです。
今回誤って個人利用の明細が含まれた場合の仕分け（登録）方法についてチャットで確認しました。
前提として、5月のカード利用実績、コピー用紙（Amazon）：1,000円、JR切符（JR東日本）：2,000円、ホテル宿泊代（アパホテル）：10,000円とします、その内、JR切符は法人とは関係無く個人使途（役員）だった場合を想定します。
オペレーション
カード利用明細が会計freeeに取り込まれます、消耗品｜1,000円、旅費｜10,000で登録します、JR切符は、役員貸付金｜2,000円で登録します。
決済日、カード引き落とし結果として13,000円が取り込まれます、それぞれ上記名目で引き当てされますので、JR切符代金の2,000円分会社に戻す必要があります。
収入として、勘定科目：役員貸付金｜2,000円を現金（現金口座）で登録し、実際に2,000円を現金で戻します。（銀行口座に戻す場合は戻す先を銀行口座にすれば良いと思います）
たぶんこれで合ってると思います。（覚書）
今回何故誤って個人利用が紛れ込んだかと言えば、JRが運営している「えきねっと」と言う切符購入サイトがあるのですが、登録できるクレジットカードが1枚なので、用途に合わせその都度登録替えが必要になるんです。